ХVІІІ ғасырдың екінші жартысында Ферғанада экономикалылық жағдай жақсарып, жібек мата өндіру өнеркәсібі көтеріліп, Қытаймен сауда қатынасының жандануының нәтижесінде, Қоқан хандығы құрылды.
XIX ғасырдың ортасында Орта Азияда үш ірі мемлекет: Қоқан, Бұхар және Хиуа хандықтары болды.
Сырдария аймағында орналасқан Қоқан хандығы XIX ғасырдың басында толығымен нығайды. Қоқанның атақты хандарының бірі Әлім осы хандықты құрушы болды. Қоқан хандығын біріктіруші Әлім хан тарихшы Наливкиннің сөздерімен айтқанда, «куатты әрі өз алдына бөлек отау тіккен мемлекет құруды көксеп, осы жолда әсрекет жасап бақты»
Ол 1799-1809 жылдары билік құрып, өзіне Ташкент, Ходжент қалаларын қосып алды және Бұхараға бірнеше шапқыншылықтар жасай отырып, оның біраз аудандарын басып алып, хандықты күшейтгі. Осылайша оған мейлінше үлкен мемлекетті құрудың сәті түсті. Әлім хан Қоқан қаласын өз хандығының астанасы етіп, сол уақыттан бастап бұрын әкесі Нарбота бидің тұсында Ферғана аталған хандық Қоқан хандығы деп атала бастады.
Өзінің жоспарлары бойынша Әлім хан Хиуа хандарынан кем түспеді. Оның билік жүргізген алғашқы жылдары туралы Наливкин былай деп жазды: «Әлім хан қолында барды ұқсатып, жайластырып қана қоймай өз иелігін қаншалықты ұлғайту мүмкіндігі туралы да ойлап және осыған тікелей байланысты өзінің жеке басына тиесілі қазынаны еселеп артыруды көздеп, дереу жаулап алу жолына түсті».
Әлім хан тұсында Қоқан хандығының территориясы едәуір ұлғайтылды. Ол өзінің жаупап алу саясатын Орта жүз қазақтарының қонысына басып кіруден бастады Шымкентті, Сайрамды, және Кұрамды басып адды. Әлім хан жорықтарын жергілікті тұрғындарды қырып-жоя отырып жүргізді, сол үшін оған «залым» деген ат қойылды.
Әлім хан Шымкент қаласын қоршап алып, 20 күннен кейін қаланы алды. Әскер қазақ далаларында орналасқан Әулиеата және Түркістан қалаларына жетіп, оларды түгін қалдырмай тонауға кірісті, сөйтіп малдарын тартып алып, халқын қинады. Жергілікті халықтың бұл жағдайға төзгені төзіп, төзбегені басқа елдергі көшіп кете бастады. Әлім ханның толассыз әскери жорықтары халық бұқарасының жағдайына ауыр әсер етті. Бұл халық арасында қатты наразылық туғызды. Наливкин былай деп жазады: «Әлім ханның есіл-дерті соғысу, ал қалғандарына соғыстың еш қызығы жоқ еді, олардың көз алдында ханның жаулаушылыққа әуестігі оның жеке басының ермегі сияқты болып көрінді, мұның халық үшін титтей де пайдасы болмағаны өз алдына, ол қыруар уақытты текке кетіру, қаржына босқа жұмсау, жиі-жиі адамдарды қазаға ұшырату еді». [1]
Әлім ханның өте қатал, залымдық әрекеттеріне шыдай алмаған қарамағындағы феодалдар да одан іргелерін алыстата бастады. Бір сәтсіз жорықтан кейін Әлім ханның жақтастары оны тастап кетіп қалды. 1809 жылы ол өлтірілді.
Әлім ханның мирасқор інісі Омар 1809-1821 жылдары билік құрды. Ол өз дәуірінің саналы адамдарының бірі еді. Омар хан қоқан хандығының шекарасын едәуір кеңейтті. Ол ең әуелі Орта жүз қазақтары мен Алатау қырғыздарына сұқтанды. Оның тұсында айнала төңірегімен қоса Түркістан қаласы басып алынды. Қаланы алу құрметіне Омар хан үлкен той жасап, Қожа Ахмет Яссауи мешітіне барып, онда барлық шейхтарға сый көрсетті. Түркістан ауданының жаңа әкімі болып Шайх-и-Бадаль тағайындалды.
Сырдария, Шу және Сарысу өзендері бойымен көшіп-қонып жүрген қазақ руларына Қоқан ықпалын күшейту ниетімен Жаңақорған тағы басқа бекіністер салынды. Сөйтіп Сырдария өзенінің Қоқан бекіністері орнаған орта ағысы енді Қоқанның шекаралық облысын құрады да, оны Ақмешіттен Қашқардың болашақ қожасы Жарқынбек басқарды. Жарқынбек Ташкент құсбегіне тәуелді болғандықтан, ол Ақмешіт аймағында көшіп-қонып жүрген қазақтардан жиналған асалықта беріп тұруға міндеттенді. Халықтан салық жинау кәдімгі феодалдық тонауға айналды. Бұл туралы Ладыженский: «Жарқынбек өз төңірегіне әккі тонаушыларды топтастырды да, Сырдың оң жағына көшіп-қонып жүрген қырғыздарға шабуыл жасай бастады, сөйтіп әр кезекте олардың көп-көп малын және дүние-мүлкін тарыпт алып, барлығын Қоқан базарларына сату арқылы тойымсыз Нұрмұхаммед құсбегі мен одан да бетер тойымсыз өзінің де қалтасын толтырып отырды» деп жазады.
Қоқан хандығының Ұлы жүз бен Қырғызстандағы жаулап алу саясаты тек феодалдық тонау мақсатымен көздеп қана қойған жоқ, сонымен бірге сауда-саттық мүддесін де ойлаған. Қоқанның өзі және оған бағынышты Ташкент, Әндіжан қалары өздерінің географиялық жағдайына орай әуелден-ақ сауда-өнеркәсіп орталығына айналған. Соның ішінде Ташкент қаласы Ресеймен және қазақ даласымен ортаазиялық сауданың орталығы болып, сонымен бір мезгілде Құлжамен және Шауешекпен сауда жасаушы мемлекеттердің жол торабында орналасқан еді. Ұлы жүздің және Алатау қырғздарының жаулап алу әрекетінің нысанасы болғаны мәлім. Сонымен бірге бұл облыстардың өздері де сауда қатынасында маңызды болғаны белгілі. Өздерін патша өкіметі жаулап алғанға дейін Ұлы жүз қазақтары негізінен Қоқан хандығымен сауда-саттық жасады.
Омар хан тұсында Қоқан билігі тек Сырдария қазақтарына, Сайрам, Шымкентке қана емес, сондай-ақ, Түркістан мен Әулиетаға да жүрді. Қоқан хандығына бағынышты қазақтар өте ауыр салықтар төлеп тұрды. Қазақтардан алынатын салық екі түрге бөлінді: малдан – зекет, егістіктен – харадж. Жергілікті қазақ тілдес, әрі діндес үкіметтің қарамағында болғандығын ескергендіктен ғана қоқандық езгіге төзгендігін байқауға болады. Егер Ресей тарапынан сондай алым-салықтар алынғанда, халық баскөтерулері одан да жиірек болған болар еді.
Зекет жинау ерте көктемде басталатын еді. Қырға алдын-ала жігіттер жіберіледі. Олар зекет жинаушылар келер алдында малдың есебін алып ең тәуір малдарды ірктеп дайындап отыратын. Харадж егіншілікпен айналысатын халықтан алынды. Тұқым себілген алқаптың көлемі «тақып» өлшемімен өлшенеді. Бір тақып 1/6 гектарға тең болады. Мал санының қырықтан бір бөлігін алуды белгілеген барша мұсылман заңына қарама-қайшы қоқандықтар неше түрлі зорлық-зомбылықпен түтін басынан жыл сайын алты қойдан, ал бай қазақтардан бұдан екі есе көп алды, бұл санға басты зекетшіге, сондай-ақ оның көмекшілеріне берілетін сыйлықтар енбейді. Егіннен қоқандықтар түсімнің 1/3 бөлігін, ал қамал маңында көшіп-қонып жүретін кейбір қазақтардан астық күйінде алынатын харадждың орнына піскен нан мен тары алатын. Салықты отын, көмір, пішен түрінде алу да харадж есебіне жатқызылды. Әр түтін басынан жылына 24 қап көмір, төрт тең сексеуіл және бір мың бау шөп пен қамыс талап етілді.[1; 52 б.]
Қазақтарға зекет пен харадждың басқа міндеттері жүктелді. Мәселен, олар бір жыртуға, бау-бақша өңдеуге, қамал қабырғаларын жөндеуге мәжбүр болады. Әскери іс-қимыл кезінде әрбір қазақ өз атымен Қоқан бегіне келуге міндетті болды, әскери қызметіне қазақтарға ақы төленбеді.
Ауыр езгіні бастан кешкен қазақтар Қоқан билігіне қарсы талай рет көтеріліске шықты. Омар хан басқаруының соңғы жинаушы Сейдіқұл бек Түркістан, Шымкент, Сайрам және Әулиеата төңіреген мекендеген қазақтар арасында наразылыққа тап болды. Көтерілісті Тентек төре басқарды. Ол он екі мың қолды бастаған Қоқан әскери бекшілерін қоршап алып, қалалардың бірінен соң бірін ала бастағанда, жергілікті халықтың ашу-ызасынан қоқандықтар қатты үрейленді. Наливкин көтеріліс жайлы мынадай деректер келтіреді: «Қырғыздар Қоқан ханынан бөлініп шығуды ойластырды. Сол себепті Тентек төре дегенді өздерін басқаруға және Омарға қарсы әскери қимыл бастауға шақырды. Түркістан маңында Тентек төренің қоластына 12 мың қол жиналды». Осындай көтерілістерді Ресей үкіметі қазақ халқымен қоқандықтар арасындағы онсыз да қордаланып қалған араздықты тұтандыру үшін шебер пайдаланды.
Көтерілісшілер алғашқы кезде Сайрамды алды, қаланы өз орталығына айналдырды. Көтеріліс маңайындағы елді мекендерді тез қамтыды. Көтерілісшілерге Шымкент, Әулиеата және басқа қалалардың қазақтары қосылды. Көтерілісшілердің кең көлемді қамтуынан қорыққан Қоқан ханы Әбіл Қаным басқарған әскерді жіберді. Қоқан әскерінің жіберілгенін білген Тентектөре көтерілісшілерді екіге бөлді. Көтерілісшілердің тең жартысын өзі басқарып, Сайрам қаласына бекінді де, қалғаны Шымкент қаласына жіберілді. Қоқан әскерлері бұл қалаларды қоршауға алды. Көтерілісшілер ұзақ уақыт табанды қарсыласып, азық-түлік тапшылығынан берілуге мәжбүр болды.
Қоқан және Хиуа феодалдарының зорлығынан қашқан қазақтар орыс қамалдарының маңына көшіп барып жатты. Мәселен, 1831 жылы Ұлы жүзден 7500 шаңырақ орыс иеліктеріне өтіп кетті.[2]
Бұл көтерілістен ұйымдаспаған, әрі көтеріліс басшысының тәжірибесіздігі мен өзінің жеке басының мүддесі үшін ғана әрекет ететіндігін білуге болады.
Қазақ жерлерін жаулап алмақ болып әрекеттенген Қоқан феолдалдары өзбектер мен қазақтардың дінінің бірлігін, тілдерінің жақындығын пайдаланды, «жалпы мұсылман қамы үшін», «кәпірлерге», яғни орыстарға қарсы күресу үшін бірігуге шақырды. Өз кезегінде тиімді болған реттерде Қоқан феодалдары қазақ сұлтандарының көмегімен халықтар арасында ұлт араздығын қоздырып отырды. [3]
Омар хан 1821 жылы ауырып қайтыс болғаннан кейін таққа отырған Мәделі хан, өзінің 1822-1842 жылдардағы билік құрған кезеңінде де Қоқан үстемдігінің езгісі саябырсыған жоқ. Оның тұсында хандықтың жекелеген облыстарын басқаратын құсбегілерінің рөлі әсіресе күшейе түсті. Көптеген құсбегілер Қоқан ханының билігін тек сөз жүзінде ғана мойындады. Қарапайым халыққа бар ауыртпалықты салып қойды барлық жаулап алынған елді мекендер олардан салық жинаулары үшін құсбегілеріне тапсырылды. Ұлы жүз қазақтары мен Сырдария бойындағы қазақтардың Ташкент құсбегінің билігіне көшуіне байланысты салық езгісі одан сайын күшейе түсті.
Қоқан хандығының езгісі Құдияр ханның кезінде күшейіп кетті. Оның тұсында ауыр езгіні тек қазақтар ғана емес, жергілкті еңбекші дихандар да бастан кешті. Тіпті, үйленетін адамдардан неке салығы алынды. Тұрмысқа шыққалы тұрған қыз 10 теңге төлесе, жесір әйел 5 теңге төлеген. [4] Ол тек қатал билеуші ғана емес, өте залымдық жолмен өсімқорлықпеп де айналысты. Сонымен қатар Сырдарияның төменгі ағысындағы көптеген қазақ руларын өзіне бағындарды. 1849 жылы мыңдаған шөмекей және басқа да қазақ руларын тонады. 1850 жылы Ақмешіт басшысы Жақынбектің басшылығымен тағы да шөмекей және төртқара руларын тонады. 1852 жылы шөмекейліктердің 150 мың қойын айдап әкетеді. Шыдамаған және наразы болған бірнеше Сырдария бойының қазақтары Ресей иелігіне өтіп кетті.
Бұл кезде тек қана Сырдария бойының халықтары ғана емес, оңтүстік аймақтардың қазақтары да жапа шегуде болды. Түркістан, Шымкент және Әулиеата аймақтарындағы қазақтардың да жағдайы қиын еді. ХІХ ғасырдың 50-ші жылдарында аталған аудандардың барлығында көтерілістер болып өтті. 1851 жылы Әулиеата, Мерке, Шу, Іле атырабындағы халықты зар иелетіп, аяусыз талан-таражға түсіріп, тонауды күшейтеді. Осы тұста шапқыншылыққа ұшыраған дулат руының екі адамы Алатаудағы Сұраншыға келіп жағдайды баяндайды. Дулат руының бай, мырзалардан ел көрген қорлықты айтады. Халық қайғысына ортақтасқан Сұраншы батыр шұғыл жиналып, үш мың қолмен барып, Қоқан қолын түре қуады. Сөйтіп біраз уақытқа дейін ел бейбіт тыныс алады. [3; 105 б.]
Қоқан билеушілеріне қарсы көтерілістердің ішіндегі ең ірісі 1858 жылы болып өтті. Бұл көтеріліс Оңтүстік Қазақстанның едәуір бөлігін қамтыды. Оған негізі себеп болған қоқандық салық жинаушылардың шектен тыс салықты көбейтуі және балалар мен әйелдерді кепілдік құлдыққа алуы еді. Көтерлістің негізгі ошақтары Әулиеата, Шымкент және Жетісу аймақтарын қамтыды. Көтеріліске кішкене шекті, дулат, бестамғалы, қоңырат және қыпшақ, арғын, найман руларының бір бөлігі қатынасты.[5]
Көтерілістің шығуына себеп ретінде мына мәліметті келтіруге болады: «Салықты толық төлей алмаған жағдайы нашар қырғыздардың бала-шағалары тартып алынып, құлдыққа сатылды».[6] Осыған жауап ретінде жергілікті халық салық жинаушыларды соққыға жығады. Мырза Ахмет көтерілісшілерге қарсы әскермен жазалауға барады. Көтерілісшілердің тегеурінді қарсылығына ұшыраған құсбегі шегініп, ақыры қашып кетуге мәжбүр болады. Көтерілістің негізгі қозғаушы күші еңбекші бұқара болып, соғыс халық-азаттық сипат алған. Осы тұста халық қозғалысының прогрессивті бағытынан үрейі ұшқан жергілікті бай, сұлтандар Қоқан бектерімен тез тіл табысып, көтерілістің жеңіске жетуіне кедергі болған. Бірақ, соған қарамастан бұл жалпыхалықтық қозғалыс қазақ елінің қоқандықтардан босауын барынша тездетті.
Феодалдық соғыстармен және өзара алауыздықтармен, яғни, ішкі қарама-қайшылық шиеліністерімен өркендеу маңызынан айырылған ортаазиялық елдің билік жүргізуі қазақтардың шаруашылық және әлеуметтік құрылысының дамуына мүмкіндік жасай алмады. Ал, Ресей империясының құрамына қосылу – қазақтардың ауыр азапты батыстың отарлық езгісіне ұшырауына қарамастан, анағұрлым жоғары әлеуметтік және шаруашылық дамуына қадам басуына жол ашты. Бірақ та, екі жақты қыспаққа алған агрессиялық саясаттан қазақ халқы біржола саяси тәуелсіздіктен айырылуына мәжбүр болды.